虽然近两年连锁经营在我国发展势头迅猛，但连锁经营不仅是单纯的零售企业经营形式的改变，还涉及零售企业组织结构、管理制度、主权关系、利益分配等一系列关系的调整和变革。国家统计局经贸司的统计报告分析，我国连锁零售企业在发展和运作上与国外相比存在着明显的差距。
连锁经营运作不规范，内资企业缺乏政策上的有效扶持
一是经营观念落后。我国发展起来的连锁零售企业，其前身大都是百货商场、菜市场、副食商店等，这些企业更多的是在同一行政隶属关系、同一地域范围内发展，形成了“近亲繁殖，就地联姻”的连锁，在管理与运作上，照搬原先单体商店的作法，难以适应连锁经营多门店发展的需要，虽然在组织形式上开始了连锁，但经营方式上并没有达到统一标准，很难通过连锁经营为企业带来经济效益。许多企业的门店规模和数量没有达到国际公认的连锁企业盈利点（门店营业面积500平方米以上、门店数量14家以上）。全国限额以上连锁零售企业门店规模在14家以下的企业占连锁零售企业门店总数的近60％，而零售额仅占连锁零售企业的20％，这种小规模连锁经营运转的局面，也阻碍了连锁经营优势的发挥。
二是市场定位不明确，“千店一面”的情况严重。许多连锁零售企业经营的商品、种类、价格及商店的布局、功能等缺乏经营特色，造成同地域、同档次、同类型的多家企业之间的竞争；不重视消费者利益的现象还较严重，而且，连锁零售企业偏重眼前利益，竞争手段仍停留在价格竞争上，没有建立起自身的经营特色。
三是与外资企业资本实力相差悬殊。2003年，限额以上连锁零售企业销售利润率、资本金利润率在百货店、便利店、专卖店等行业中出现负增长，甚至有的企业还出现了销售额越多，利润亏损越严重的现象，特别是这些行业中的国有、集体企业经济效益不景气的局面尤为突出。而外资连锁企业一般都是跨国公司，他们在国外大都有几十年资本积累的历史，资金雄厚，实力强大，有价格优势，能通过外国银行低息贷款获得充裕的资金，交易成本低，劳动效率高，往往能先以低价格、低盈利，甚至亏损的策略，扩大销售额，提高市场占有率，然后占领市场。
四是内资和外资连锁企业之间缺乏公平竞争的外部环境。一些地区为了吸引外资的业绩和地方利益（例如通过引资而带来地产的升值等），在多方面给外资零售企业以宽松的经营环境和条件，主要包括选址、网点、租金、用工政策、跨区经营的相关支持等，而这些是内资企业难以比拟的，由此，造成内外资企业不公平的竞争，致使一些外资连锁零售企业的发展速度超过了我国政府对外开放的承诺。
配送中心建设滞后，缺乏高效率、合理布局的物流配送设施
目前，企业自身的物流设施受传统经营方式影响，虽然90％以上的连锁零售企业都建有配送中心，并形成小而全的配送体系，但由于受物流规模的限制，致使企业组织配送商品的能力不足，配送品种不全，同时，由于区域利益的分割，有些商品的跨区域配送也受到限制，导致进货价格不统一，进货质量没有保证，中间环节增多，达不到最低的进货成本，不能实现企业最优效益，不仅提高了连锁企业的运营成本，而且也给假冒伪劣商品进入市场提供了可乘之机。
2004年6月末，我国限额以上连锁零售企业配送中心数为2845个，比上年增加了157个，但是商品的配送比重仍然较低，国外连锁零售企业商品配送比重一般都在90％左右，而我国自有商品的配送比重和非自有商品的配送比重仅有49．4％和22％，两者相加也才只有70％。
大型连锁零售企业，对中小型商业企业产生较大的冲击和影响，一些连锁零售企业由于经营不规范，给上游产业带来负面影响
从国外的经验看，大型连锁零售企业往往会对中小零售企业产生很大的冲击和影响，如果任由其自由发展，就有可能带来失业人口的增加。在现阶段，我国此类情况虽然还不十分明显，但已经出现了类似的迹象。在一些大城市，由于外资大型零售企业的建立，导致周围中小商业企业倒闭的情况已多次发生。另外，一些连锁零售企业经营不规范，乱收进场费及恶意压价，也对供应商和上游生产企业产生了不利影响，影响了这些企业的发展。
连锁企业地区集中化趋势明显，区域发展存在不平衡的现象
限额以上连锁零售企业主要集中在东部沿海地区和大城市，中部、西部地区的限额以上连锁零售企业实现的零售额还不如东部地区的一个省多，而且，中部、西部地区连锁零售企业的门店构成和零售额构成呈下降态势，在中小城市的发展更是严重不足，在有些小城市甚至是空白。
上海、北京、江苏、广东等地连锁零售企业的发展速度、规模和水平明显高于其他地区，这四地区限额以上连锁零售企业实现的销售额占全国限额以上连锁零售企业销售额的近70％。2003年，全国6家百亿元以上的超大型连锁零售企业就有4家分布在上海，10亿元以上的连锁零售企业上海占21．9％，北京占19％，江苏占9．5％，广东占14．3％。（中国经济时报）
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